Заседание суда, на котором рассматривалось ходатайство следствия об аресте председателя ВАК, продолжалось недолго. Сначала следователь главного следственного управления (ГСУ) ГУ МВД по Москве отметил, что причастность Феликса Шамхалова к хищению средств ВЭБа подтверждается как проведенными допросами свидетелей, так и документами, изъятыми во время обысков в его особняке и рабочем кабинете. Среди прочего, отметил следователь, там были обнаружены печати фирм-однодневок, которые использовались для увода средств Внешэкономбанка. Также следователь обратил внимание на то, что ключевому свидетелю по этому делу начали угрожать после дачи им показаний, а наличие у председателя ВАК загранпаспорта с действующей шенгенской визой дает возможность ему скрыться. Все эти обстоятельства, по мнению следствия, подтверждают необходимость ареста чиновника.

Следователь передал суду материалы, согласно которым Феликс Шамхалов на время расследования отстранен своим руководством от должности главы ВАК.

На вопрос прокурора, не относится ли преступление, инкриминируемое Шамхалову, к сфере предпринимательской деятельности (в этом случае арест запрещен УПК), следователь ответил отрицательно, заметив, что предпринимательство связано с получением прибыли — "а здесь о прибыли речь не идет, только лишь о хищении средств". После этого прокурор поддержала позицию следствия.

В свою очередь, адвокат председателя ВАК Михаил Олейник требовал отклонить ходатайство, оставив его подзащитного на свободе под залог 3 млн руб. и личное поручительство депутата Госдумы от ЛДПР Сергея Калашникова. Кроме того, защитник представил суду документы о наличии у его клиента несовершеннолетних детей; положительную характеристику, подписанную замминистра образования; многочисленные дипломы и свидетельства об ученых заслугах Феликса Шамхалова, его членстве в РАН и о госнаградах подозреваемого (среди них медаль "За вклад в развитие уголовно-исполнительной системы России").

"Куда я убегу? — возмущался, выступая перед судом, подозреваемый.— У меня шесть детей на руках, я сам буду помогать следствию". Он сказал, что вины не признает и что его подвели доверенные лица, которым он передал акции после ухода на госслужбу.

Как потом пояснили "Ъ" представители чиновника, Феликс Шамхалов имел в виду руководителя НПО "Экономика" Александра Приступницкого, который проходит по делу свидетелем. Также, по словам чиновника, ВЭБ с помощью навязанных компаний якобы блокировал строительство, а свое уголовное преследование Феликс Шамхалов охарактеризовал как "рейдерский захват" со стороны ВЭБа, который якобы намеревается забрать большой земельный участок, полученный им под строительство.

В итоге суд счел более убедительными доводы следствия, арестовав Феликса Шамхалова до 24 марта.